Tư Mã Đạo Tử rất ham mê tửu sắc, y hệt vua anh của mình. Nhiều đều ông cùng Tấn Hiếu Vũ Đế thườnh uống rượu xem hát với nhau. Đến cuối thời Hiếu Vũ Đế, quyền lực của Tư Mã Đạo Tử đã lớn mạnh, lấn át đến vua. Ông thân cận tăng ni và tin dùng tiểu nhân quá mức. Nhiều tên sủng thần của Tư Mã Đạo Tử nhân chủ nhân có quyền lực, bèn giở trò mua quan bán tước, làm chính trị, hình luật hỗn loạn, cộng thêm việc ông quá tôn sùng Phật giáo, bắt người dân nộp nhiều tiền của xây đền chùa, làm nhiều người căm phẫn. Trung thư lang Phạm Ninh cũng bất bình, bèn báo chuyện này lại với Tấn Hiếu Vũ Đế, khiến hoàng đế bất mãn với Tư Mã Đạo Tử, tuy nhiên chưa biểu lộ ra ngoài. Về sau, Vương Quốc Bảo ghét Phạm Ninh, bèn bảo Tư Mã Đạo Tử tìm cớ vu khống và khuyên hoàng đế biếm truất Ninh. Phạm Ninh cuối cùng bị đầy làm Thái thủ Dự Chương. Tiếp theo, lại có người do hối lộ cho tả hữu của Tư Mã Đạo Tử là Triệu Nha và Nhữ Thiên Thu để dễ dàng ăn bớt vật tư hay mua quan bán tước.

Tư Mã Đạo Tử được mẹ là Lý Lăng Dung che chở, thường mỗi khi uống rượu lại nói lời vô lễ với Hiếu Vũ Đế. Hiếu Vũ Đế cũng biết Tư Mã Đạo Tử không phải năng thần trị quốc. Sau đó lại xảy ra việc Vương Quốc Bảo bất hòa với Vương Nhã, thân cận của Hiếu Vũ Đế. Hiếu Vũ Đế bèn tìm cách hạn chế quyền lực của Đạo Tử, dùng ngoại thích Vương Cung làm thứ sử hai châu Thanh, Duyện; Ân Trọng Kham làm đô đốc quân sự ba châu Kinh, Ninh, Ích; Thứ sử Kinh châu[7], Sĩ Khôi làm thứ sử Ung châu, tạo thế lực ở bên ngoài nhằm trấn áp Tư Mã Đạo Tử. Đồng thời, hoàng đế càng tín nhiệm Vương Nhã[8][9]. Tư Mã Đạo Tử cũng không chịu thua kém, liền thăng Vương Quốc Bảo làm Trung thư lệnh, Trung lĩnh quân, và thu dụ em họ là Vương Tự. Mẫu thuẫn với Tấn Hiếu Vũ Đế và Tư Mã Đạo Tử bùng nổ và ngày càng quyết liệt.

Năm 392, Tấn Hiếu Vũ Đế lập con nhỏ là Tư Mã Đức Văn làm Lang Nha vương, dời Tư Mã Đạo Tử làm Cối Kê vương, thực chất là nhằm tước bớt phong địa của ông[10] Tuy nhiên về sau do sự can thiệp của Lý Thái hậu nên Hiếu Vũ Đế không loại bỏ Tư Mã Đạo Tử.